Служил в рядах РККА с 1932 года, место службы – 104 стрелковый полк 36 гвардейской стрелковой дивизии. Осенью 1942 года в течение трех долгих месяцев шли тяжелейшие беспрерывные бои полка в районе Ивановки и Северной Бекетовки на Донском фронте. 4 сентября 1942 года от непрерывной бомбежки и артиллерийского огня в боях за высоту 128,2 создалась угроза срыва боевой задачи. Стефан Никанорович Пенин, будучи начальником штаба 104 стрелкового полка, управлял боем, перегруппировывал имеющиеся кадры, умело расставил их на боевые позиции, обеспечил тем самым достижение цели. Он также руководил подвозом боеприпасов, продовольствия, эвакуацией раненых и боевой техники с переднего края. Сумел спасти от уничтожения две машины ГАЗ, два танка Т-60 и один тягач, которые вскоре были снова введены в бой с врагом. За этот подвиг Стефан Никанорович Пенин начальник штаба 104 стрелкового полка 36 гвардейской стрелковой дивизии был награжден Орденом Красной Звезды